Jarak je optužen da je za vreme rata u BiH kao pripadnik Prve brigade Hrvatskog vijeća obrane od početka jula do sredine avgusta 1993. na području opštine Stolac naredio dvojici pripadnika HVO-a da trojici civila bošnjačke nacionalnosti zavežu ruke bodljikavom žicom, nakon čega su ih odveli i zatvorili u Koštanu bolnicu u Stolac.

Ta bolnica je služila kao mesto gde su zarobljeni civili Bošnjaci sa područja Stoca, odakle su svi odvedeni u logor Gabela, na području Čapljine, gde su bili zatvoreni pet meseci.

U optužnici se navodi da je Jarak u avgustu 1993. u Stocu s drugim pripadnicima HVO-a učestvovao u prisilnom preseljenju Bošnjaka iz Blagaja kojima su oduzete sve dragocenosti, a muškarci su odvojeni od porodica i odvedeni u nepoznatom pravcu.

Vlatko Jarak je od jula do avgusta 1993. s dva pripadnika HVO-a više puta dolazio u jednu porodičnu bošnjačku kuću u selu na području opštine Stolac i zastrašivao domaćine i pretio im, pa je usled straha od takvih pretnji domaćica te kuće izvršila samoubistvo.