Ratni sukobi počeli su 13. avgusta 1991, a JNA je zauzela grad 18. novembra te godine. Vukovar je bio prva urbana sredina iz koje su borbom potisnute hrvatske snage. Borbe za Vukovar trajale su 86 dana, a u njima je, kako se procenjuje, poginulo 3.000 do 5.000 ljudi, uglavnom civila. U sukobima je razrušeno 90 odsto grada.

U opsadi Vukovara učestvovalo je oko 30.000 vojnika JNA i veliki broj pripadnika Teritorijane odbrane i paravojnih snaga, dok su hrvatske snage, prema procenama, najpre brojale 1.800 ljudi, ali su vremenom bitno narasle.

Sa hrvatske strane komandant odbrane Vukovara bio je Mile Dedaković, a komandant Kriznog štaba Tomislav Merčep. Komandant snaga JNA na početku vojnih operacija u Vukovaru bio je Bajo Bojat, a zamenio ga je pukovnik Mile Mrkšić, komandant Operativne grupe Jug. General Andrija Biorčević bio je komandant jedinica Novosadskog korpusa JNA na vukovarskom ratištu.

Ukazom Predsedništva SFRJ, na svečanosti 7. decembra 1991, u kasarni Maršal Tito u Beogradu dodeljeno je 260 odlikovanja i priznanja vojnicima i starešinama koji su učestvovali u Operaciji Vukovar i 75 ordena i isto toliko medalja za hrabrost. U više činove je unapređeno 40 vojnika i starešina, izvršena su i 34 vanredna unapređenja.

Civilna vlast u Vukovaru je uspostavljena početkom decembra 1991. Doneta je odluka da Vukovar bude administrativni centar Srpske oblasti Slavonije, Baranje i zapadnog Srema. Predsednik Vlade Srpske oblasti Slavonije, Baranje i zapadnog Srema bio je Goran Hadžić, a Slavko Dokmanović bio je predsednik Skupštine Opštine Vukovar i član Vlade Srpske oblasti SBS.

U organizaciji Međunarodnog komiteta Crvenog krsta u Budimpešti su 8. avgusta 1992. predsednici Vlada Jugoslavije i Hrvatske Milan Panić i Mate Granić potpisali Sporazum o razmeni ratnih zarobljenika. Na osnovu tog sporazuma i na osnovu sporazuma od 28. i 29. jula, koje su potpisali predstavnici SRJ i Hrvatske, Vlada SRJ je 14. avgusta donela odluku o repatrijaciji zatvorenika iz Hrvatske, učesnika oružanih sukoba.

Istočna Slavonija bila je pod upravom Prelazne administracije Ujedinjenih nacija do 15. januara 1998, kad je ta oblast vraćena pod hrvatsku upravu.

Za zločine počinjene tokom ratnih sukoba u Vukovaru Haški tribunal optužio je nekadašnjeg gradonačelnika tog grada Slavka Dokmanovića, oficire JNA Mileta Mrkšića, Veselina Šljivančanina i Miroslava Radića, i Gorana Hadžića. U septembru 2007. Haški tribunal osudio je Mrkšića na 20 godina zatvora, Šljivančanina na pet, a Radića oslobodio krivice. U maju ove godine Šljivančanin je pravosnažno osuđen na 17 godina zatvora.

Dokmanović je uhapšen u junu 1997. i prebačen u Hag, gde je godinu dana kasnije izvršio samoubistvo.

Goran Hadžić je u bekstvu od 16. jula 2004, kad je otpečaćena optužnica protiv njega.

Pred srpskim pravosuđem 15 osoba je pravosnažno osuđeno na višegodišnje kazne zatvora zbog ratnih zločina na teritoriji Vukovara 1991, a u toku je veći broj istraga zločina počinjenih u tom gradu.

Zbog zločina na Ovčari, na maksimalne kazne od po 20 godina zatvora osuđeni su bivši teritorijalci Miroljub Vujović, Stanko Vujanović, kom je 1. novembra ove godine izrečena i devetogodišnja kazna zbog ratnog zločina ubistva četiri hrvatska civila na teritoriji Vukovara 1991, Predrag Milojević, Đorđe Šošić, Miroslav Đanković i Saša Radak. Milan Vojnović i Ivan Atanasijević osuđeni su pravosnažno na po 15 godina zatvora, Jovica Perić na 13, Nada Kalaba na devet, Milan Lančužanin na šest, a Predrag Dragović i Goran Mugoša na pet godina zatvora. U odvojenom postupku pravosnažno su osuđeni Damir Sireta na 15, a Milan Bulić na dve godine zatvora.

Na mestu stradanja oko 200 civila i vojnika zarobljenih posle pada Vukovara otvoren je 2006. spomen-dom Ovčara.